Le but du Sudoku est de remplir une grille avec des chiffres allant de 1 à 9 en respectant certaines contraintes, quelques chiffres étant déjà disposés dans la grille. La grille de jeu est un carré de neuf cases de côté, subdivisé en autant de carrés identiques, appelés régions (voir figure). La règle du jeu est simple : chaque ligne, colonne et région ne doit contenir qu'une seule fois tous les chiffres de un à neuf. Formulé autrement, chacun de ces ensembles doit contenir tous les chiffres de un à neuf. Les chiffres ne sont utilisés que par convention, on peut donc les remplacer par des symboles... comme le fait Zendoku.

Ayant pour toile de fond un univers d'Extrême-Orient original, centré sur le thème des arts martiaux, Zendoku propose une variété de personnages. Une fois votre personnage choisit, utilisez votre stylet afin de remplir la grille des chiffres si vous jouez au Sudoku classique, ou bien avec des symboles si vous vous mettez au Zendoku. Ca pourrez rébuter les experts, mais après quelques parties, on n'y fait d'ailleurs même plus attention, et on jongle avec les fleurs, les vases, les dragons et pandas comme s'ils avaient toujours été là.

Zendoku ne s'arrete pas à changer les symboles du Sudoku. Le mode solo est un petit jeu d'aventure. Vous choisissez un personnage parmis une dizaine, et à la facon d'un Street Fighter, vous affrontez chacun des autres personnages dans le but de résoudre votre quête. Trouvez votre soeur, vengez une personne qui vous était chèr...